aby to ostatní neměli

ti snad může být jedno co je ve společné nabídce start. pokud si ohlídáš ať to necpe ikony do allusers na plochu, nebude je to nijak obtěžovat.
ostatně ikona z nabídky start z allusers se dá taky přestěhovat do tvé větve:
C:\Documents and Settings\uživatel\Start Menu\Programs

neměnilo jim to nastavení

to snad dělají jen extrémně debilní programy pro windows98, které nepočítají s více uživatelskými účty ani nejde uložit nastavení do vlastního profilu/registru místo do společných adresářů \windows nebo \program files.

u dvou různých instalací máš v xp trochu problém - nastartovaný systém ti snadno může zasahovat do dat druhého systému - lehce tam změní přístupová práva neběžícího systému. xp nainstalovaná na druhý (logický) disk už nejsou jako c: ale až e: nebo jiné písmeno - u hloupějších programů to může působit problém.
(společné zaváděcí soubory přitom leží na disku prvního systému.)
takto nainstalovaný systém win xp se hůř zálohuje, protože ho musíš obnovit taky na rozdělený disk na druhý oddíl (první může mít symbolickou velikost, jen musí být vidět).

se dvěma licencemi se obtěžovat nemusíš - windows jsou na jednom pc a současně běží jediná instalace. ms to možná kdysi vykládal jinak, ale pak taky rezignoval a léta nechal prodávat oem "legalizační" verze bez oem železa - aby vůbec něco prodal.