Dovolím si reagovat za flega, kdyžtak mě opraví.

HDD rozdělený napůl je stále krabičkou braný jako celý, takže na menší disk klonovat nepůjde.

Na zbylé místo lze rozšířit naklonovaný oddíl nebo naformátovat jako další logický disk.

Boot loadery by neměly činit problém, krabička o nich ani neví, kopíruje "nízkoúrovňově" bit po bitu ...

IMHO ale softwarové klonování nabízí víc možností a pokud se klonuje ne přímo, ale pomocí vytvoření image, má člověk zároveň zálohu pro obnovu v případě potřeby. Takže by šlo krabičku využít jen jako "hloupou" dokovací stanici, kdyby bylo potřeba mít nad klonováním větší kontrolu.