Ono to je IMHO všechno o nepochopení úlohy a účelu NAS. On totiž NAS není primárně fileserver, ale "jen" síťové úložiště, a mezi tím je malý, ale docela jasně definovaný rozdíl (jehož podstatu jsi sám popsal ve svých peripetiích). Pokud chceš používat NAS pro úlohy fileservingu (a tento scénář je celkem pochopitelný), řešívá se to tak, že NAS se připojí (fyzicky) ke stávajícímu fileserveru pomocí dedikovaného ethernetového propojení a pro samotné zpřístupnění se použije iSCSI (které koneckonců pro tento účel bylo vyvinuto). Výsledkem je, že samotný NAS nemusí odbavovat relativně komplikovaný CIFS protokol, ale "soustředí se" pouze na relativně nenáročný iSCSI a samotné počítání RAIDu.
Ostatně i tvé výsledky hovoří za vše - pokud nebylo poznat to, že jsi změnil RAID5 na např. RAID10 (který nepočítá XORy), pak výkon omezoval použitý přenosový protokol, a nikoli diskový subsystém...