Porovnanie s linuxáckymi terminálmi nemá podľa mňa príliš zmysel, pretože ConEmu je výlučne pre Windows a linuxácke terminály zasa len pre Linux. Skrátka aj keby si vedel, že jedno je lepšie ako druhé, tak si na danej platforme nevyberieš.

ConEmu nie je o tom cmd.exe, ktoré sa v ňom dá spustiť, ale o prostredí, v ktorom beži. V ConEmu sa dá spustiť napr. aj Bash z MinGW (ako napríklad Git Bash) alebo PowerShell. V konzolových aplikáciách (napr. mysql, psql a pod.) tam môžeš pracovať rovnako efektívne ako na Linuxe.