Chýbajúca podpora wildcard certifikátov od Let's Encrypt bola jedným z hlavných dôvodov, pre ktorý ho niektorí odmietali používať. Od januára 2018 sa to však má zmeniť, čo určite prinúti mnohých zamyslieť sa nad tým, či si budú naďalej certifikát kupovať, alebo použijú Let's Encrypt, ktorý je zadarmo.