Na PC s aktivovaným SecureBoot ?
S aktivnim Secure Boot může být s NTFS bootloaderem problém protože nemusí být MS digitálně podepsaný což muže zpusobit že deska z NTFS oddílu odmítne bootovat.
(Některé systémy UEFI nemají vestavěný ovladač pro NTFS).

V takovém případě se instalačka s NTFS vůbec nespustí, pokud není použit speciální bootloader "UEFI-NTFS" ktery umi vytvorit uvedeny jako v pripadě Rufus.
Také jsem na místo instalace extrahoval ISO přimo na NTFS flashku a problém jsem neměl, což ale neznamená, že to bude fungovat na každém hardwarovém podkladu.
Přesto mi na noteboocích, třeba od HP, Lenovo, NTFS instalačku nepustí, stejně jako základní desky co já vím, ASUS, MSI vydané před rokem 2016 NTFS ovladač také nemají.“

Takže fakt, že RUFUS vytváří jeden FAT32 oddíl (bootx64.efi, UEFI-NTFS) navíc, je zcela legitimní.