Já s tím nemám žádnou praktickou zkušenost, nicméně zkusím odpovědět. Výhody bych viděl 2:
1) vše, co je umístěný na té "cd rom" části bude chráněný proti přepsání, smazání, formátování (můj názor)
2) U3 podporuje programy, který se dají spouštět bez nutnosti instalace (něco jako "portable apps) - kamkoli přijdeš, máš svoje programy k dispozici, i kdybys byl u pc s čistou instalací např. WinXP

Pavel