no nevypise sa ti to preto ze po vyskoceni z toho kalkulackoveho bloku
to zastane na String pocet1 = reader.readLine();

if(dec2 == 2) {
  System.out.println('\n' + "Vybrali ste si priemer znamok.");
  System.out.println("Vyberte si Vas pocet znamok (2-5):");
}
>>>  String pocet1 = reader.readLine(); <<<
int pocet2 = Integer.parseInt(pocet1);

proste ti tam v tom slizi chyba niekde 'else'

ked uz nic ine aspon tie jednotlive kalkulacky(kusy kodu)
si daj do samostanych metod...