v první řadě: ten účet pod kterým to spouštíš, je adminovský na všech těch strojích co jsou určeny k instalaci?

v druhé řadě: když máš k dispozici doménu a MSI balík, proč to neřešíš proboha přes GPO? Stačí to naklikat a Windows si to už nainstalují samy v rámci přihlašovacího procesu při dalším restartu stroje. K tomu je přece tato funkcionalita určena.. edit: např. http://www.advancedinstaller.com/user-guide/tutori al-gpo.html

edit: "konverze" exe installeru do MSI není triviální, běžný MSI wrapper se často nedá použít. Pro korektní vytvoření MSI balíku bys potřeboval minimálně nějaký tool na zachycení instalačního procesu, jako to má např. Landesk nebo AdminStudio (balík installshield + tooly)