čerstvé verze klonovacích produktů už umí automaticky zarovnat partition. Minimálně ty od Acronisu.

Nicméně za mě je opravdu lepší nainstalovat načisto na SSD (včetně vytvoření oddílu instalátorem). On ten instalátor není blbý a když zjistí, že se instaluje na SSD, tak si pozapíná a povypíná vše, co je potřeba, aby z disku vyrazil maximální výkon a zároveň ho zbytečně neopotřebovával.