Ten důvod je ten, že shutdown to ustřelí násilně, protože typicky služby MSSQL a Exchange vyžadují delší čas na své ukončení.

Tj. buď si nastav delší prodlevu na ukončení služeb (v registry), nebo si napiš vlastní shutdown skript, který vypne stroj až v okamžiku, kdy v předchozím kroku korektně zastavil službu mailstore.

edit: http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc97604 5.aspx

osobně ale doporučuju custom shutdown skript.