Těch popstupů je celá řada, minimálně jeden by měl určitě zabrat.

1. zavřít všechna okna IE kromě jednoho
2. pravým myšítkem kliknout na nějaqký odkaz a zvolit "Otevřít v novém okně"
3. zavřít to první otevřené okno křížkem v pravém rohu
4. nastavit požadovanou velikost a pozici okna (nepoužívat ikonku maximalizovat)
5. stisknout Ctrl a zavřít okno křížkem v rohu

Pokud to nezabere, je zřejmě poškozené pamatování velikosti oken v registrech.

větev: [HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main]
položka: "Window_Placement"=

Vynulování můžeš provést tímto souborem: ResetWindowPlacement.reg