Doporučuji psát zdrojáky v UTF-8, nyní už je to všude rozšířené a téměř vše má podporu. V eclipsu se nastaví v nastavení projektu UTF-8 a pohoda. V netbeanech to půjde určitě také, možná je to tam default, nevím. V notepadu by mělo stačit uložit zdroják s UTF-8 kódováním.

To, že to v cmd ukazuje špatně háčky je tím, že cmd je defaultně (proč??) nastavení v nějakém prehistorickém kódování...Nejlepší je si ho přepnout na UTF-8, například jako tady.