Nektere soubory nejde defragmentovat, protoze je mam system otevrene - typicky swap file, soubory registru apod.
Pro defragmentaci takovych souboru se pouziva offline defragmentace, ale to bys musel pouzit neco jineho, nez ten osekany nastroj pro defragmentaci, ktery je soucasti Windows.