Nic lepšího než BATerku nebo WSH skript asi nevymyslíš. Že to některé soubory odmítne smáznout, to mě udivuje. Podle mě by to mělo smazat bez problémů.

Napadlo mě alternativní řešení - Total Commander.
Pomocí Ctrl+B si zobrazit všechny soubory i z podadresářů a pak pomocí Num+ vybrat předdefinovaný výběr (např. *.exe,*,dll atd.). To by mohlo být rychlé a efektivní.