Invertoval bych Ledky (tj. zapojil přes odpor anodou na +5V a katodou na fous Atmelu - a samozřejmě v programu invertovat i to co jde na porty). Mezi bázi tranzistoru a fous Atmelu bych dal odpor ~10k. Na krystal kondíky potřeba nejsou (mám odzkoušeno, 12MHz chodí spolehlivě i bez kondíků).