nějak se mi povedlo všechny zástupce dát do tohoto typu souboru .lnk

to je správně. zástupci jsou soubory .lnk a nedělá se s nimi nic.
uživatelé ovšem trpí obsesí zástupcům (.lnk) a programům (.exe) nastavovat, čím by se tyto samospouštěcí typy měly otevírat - a tím to poserou.

pak nezbývá než obnovit asociace naimportováním staženého opravného .reg souboru (pro .lnk, případně .exe)