Přepsal bych to na něco následujícího...

public void ZmenKurzNakup(double castka, int mena) throws IOException
    {
            BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream("kurzy.txt")));
            
            String radek;
            int x = 0;
            int i = 0; 
            
            //nacteni 9 radek
            while ((radek = br.readLine()) != null)   {
            	radky[x] = radek;
            	x++;
            }
            br.close(); //zavreni cteni
            
            while(i != mena+1){
            	radky[i] = castka+"";   //tady pocitam, ze chces na index 'i' ulozit tu novou castku, takze:
            }

            BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter ("kurzy.txt"));

            for(i = 0 ; i < radky.length ; i++){
            	bw.write(radky[i]); //zapsani vsech castek vcetne upraveny castky
            	bw.write("\n"); //odradkovani
            }
            
            
            bw.close(); //zavreni zapisu
      }

Nezapomeň, že pokud načítáš ze souboru a poté do něj chceš opět zapisovat, musíš ten čtecí buffer uzavřít PŘED TÍM, než začneš zapisovat. Po dokončení zápisu opět uzavřít zapisovací buffer.