Možná by pomohlo sfc /scannow z příkazové řádky, hned to nahradí i ty upravované - ty současnému stavu také nepřispívají. Popřípadě, jestli máš zálohu daných souborů, tak se mrkni na dosovský příkaz copy - z příkazové řádky bys měl být schopen ho překopírovat zpátky na své místo.