na jaké úrovni je syn? Uživatelské účty nic neřeší, stačí nabootovat pc odjinud a všechny soubory jsou čitelné (pokud nejsou šifrované). Tohle nehrozí?
Jinak je bych doporušil ecryptfs radši než encfs, neboť ten druhý má zápis okolo 15-30 MBps a ten první 50-75MBps.
Ze všeho nejlíp ale vychází LUKS, tam je rychlost 100MBps.,ale jak asi víte, na rozdíl od obou předchozích se jedné o šifrování celého disku/oddílu/blockdevice.