Aha, omlouvám se, až teď jsem to pochopil (něco čtu a nevnímám). Problém může být zdá se v PMTUD (ostatně jste to již popisoval). Nevím nakolik je to čisté řešení, nicméně co to obejít na Mikrotiku títmo:
http://www.minihowto.eu/mikrotik-change-mss-on-tun nel-interface