Podľa mňa ti to vďaka zapnutému detect_indentation zistí, že v danom súbore sú použité tab-y a tým pádom začne používať tab-y. Skús to nastaviť na false, či sa to nezačne chovať tak, ako chceš.
Odporúčam prečítať si dokumentáciu k nastaveniu odsadzovania.