Mám to podobně, akorát jsem si zvyknul na datumy (jeden den vždycky pracuju na jednom konkrétním počítači, v průběhu dne "nemigruju") a pojmenovávám si tak složky, ve kterých mám práci, takže to pak u mě vypadá následovně:
..
EAGLE_01_07_2013
MIKROC_02_07_2013
EAGLE_06_07_2013
..

A ještě si do každé složky někdy dávám takový malý "changelog". Mně to vyhovuje, ještě se mi nestalo, že bych si omylem něco přepsal.