Měl jsem kdysi podobný problém při instalaci SP2 přes SP1 (http://www.zive.cz/poradna/SubChild.asp?Qst=188372& Main=51). Integrace SP2 do instalačky a čistá instalace vše vyřešila. I když u mě byly Windowsy tehdy už docela jeté, takže chyba byla v nich. U tebe to ale pravděpodobně bude něčím jiným, pokud tě to otravuje po přeinstalaci systému...