ano, ale ne zrovna uživatelsky přívětivě. Budeš muset "mandlovat" (použít tabulky mangle), označit pakety daného procesu nějakým příznakem a následně v iproute2 pomocí tc omezit.

edit: to označení paketů budeš muset vymyslet nějak rozumně, např. listening port budeš muset progrepovat z výstupu ps a po ukončení daného programu zase pravidlo zrušit.