Nedostatkem je, že mají většinou velkou spotřebu a samy vyzařují hodně tepla, takže je třeba chladit je víc, než kolik by vyžadovalo samotné chlazené zařízení.

http://cs.wikipedia.org/wiki/Peltier%C5%AFv_%C4%8D l%C3%A1nek
To je IMHO hlavní důvod. A také cena..

U běžného PC stačí zajistit, aby se komponenty nepřehřívaly. Nemusí se nutně chladit hluboko pod pokojovou teplotu, pokud nejde o extrémní přetaktování a tam by bylo těch max. -45°C málo. Používá se tekutý dusík s teplotou -196°C nebo dokonce tekuté helium při -270 °C, ale to už je extrém všech extrémů.