Bohužel nevím jaká je architektura aplikace, doména, ani jaké jsou operace nad doménovými objekty. Ani nevím, co používáš přesně, jestli Spring, nebo Javu EE, nebo něco jiného. Takže těžko radit...

Ale typicky bych to udělal nějak takto:

Controller:
- třída s metodami, které odpovídají HTTP metodám, pro CRUD operace
- zde by s měl metodu, která se zavolá, když klient posíla změnu, přijde ti nová instance Item
- podle obecných pravidel pro REST, by to mělo být metodou PUT

ItemRepository:
- třída, která se stará o práci s objekty Item
- má metody jako findById
- a taky metodu updateItem(Id, Item changes) - tuhle budeš volat při změně - najde si původní instanci Item a přesype tam data

Nevím,jestli to, co ti chodí z klienta na server jsou jenom delty (změny), nebo ti přijde celá instance Item i s tím co se nezměnilo. Pokud je to první případ, tak musíš updatovat jen ty změněné položky, ale raději bych to udělal tak, že by klient posílal celý Item, aby si mohl jenom přesypat data a nestarat se...

Validace
- použil bych nějakou implementaci JSR-303
- fieldy v doménových objektech anotuješ validačními anotacemi, a framework pohlídá že jsou objekty validní...