to víš, jaká otázka, taková odpověď ;o)
pokud chceš hledat textový řetězec, tak můžeš zkusit pdfgrep, windows (předpokládám) verze je zde: http://soft.rubypdf.com/software/pdfgrep-windows-v ersion
základ skriptu na iteraci po souborech např. takto:
http://stackoverflow.com/questions/138497/batch-sc ripting-iterating-over-files-in-a-directory
samozřejmě můžeš použít VBS apod.