Tak jak to popisuješ to skoro vypadá, že jsou ty disky v háji. Mizí i ze správce zařízení?
Nepovede se ti načíst alespoň SMART status (např. pomocí Crystal Disk Info)?
Jinak pro serverové použití se ty onboard řadiče běžných základních desek moc nehodí. Chtělo by to alespoň něco takového:
http://www.abacus.cz/adaptec-6405-entry-sas2raid-0 -1-10-1-8087-128mb-pci-e1-md2-5-2-singl_d5032646.h tml
(u tohoto modelu sice výrobce podporu pro server 2003 neuvádí, ale prováděl jsem na několika strojích downgrade ze Server 2008 a jak 6405E tak 6805E s drivery staženými od čistokrevného 6405/6805 chodí už delší dobu zcela bez problémů).