Do toho okna napiš sfc /scannow a odentruj, co to udělá. Jestli ti i v nouzovém režimu nabíhá jenom CMD, tak zkus opravnou instalaci OS (boot z DVD a Opravit) nebo rovnou reinstall OS. Možná to je "jenom" zavirované. Zkus nějaké boot CD od AVG (nebo jiného antiviráku - mají to snad všechny): antivir cd boot