Ak je to závislé od veľkosti súboru, vypadá to na problém s diskom, zrejme disk má problémové oblasti, prenosová rýchlosť občas klesne až tak, že sa vyprázdnia cache a dekodovanie videa nie je plynulé.
Podobný efekt by ale mohla spôsobovať aj nejaká služba systému alebo aplikácia ktorá by pristupovala k disku.
Máš to hardwarovo slabé, funguje to na hrane možnosti. Zrejme, ako opisuješ, dá sa ale nájsť stabilná konfigurácia. Tak až ju nájdeš, urob si zálohu tohto stavu systému, tak aby si sa po prípadnom upgrade nejakého komponentu vedel vrátiť do stavu kedy to ešte fungovalo.