Asi jsi zadal špatné umístění zavaděče
Zavaděč
zde můžete zvolit, kam se má nainstalovat zavaděč GRUB2. Pokud si nejste jisti, ponechte výchozí možnost. Jestli nepoužíváte ještě jiný zavaděč, musí být Grub nainstalován do MBR disku, ze kterého bootujete, označeného například /dev/sda (bez čísla, tedy ne příkladně /dev/sda5). Co určitě nedělejte, je instalace zavaděče do oddílu s Windows (označeného jako NTFS, a s nějakým číslem, např. /dev/sda1).

http://wiki.ubuntu.cz/Instalace/Pr%C5%AFvodce%20in stalac%C3%AD?redirect=1#krok_42_-_rozd%C4%9Blen%C3 %AD_disku