Evidentně si pleteš pojmy kontejner a kodek. Můžu Tě potěšit - nejsi sám.
Naštudej si to třeba zde nebo zde.
Doporučuji přečíst i poslední dva články o videoeditorech zde na Poradně (viz vpravo sekce "Články").
Do konverze bych se moc nehrnul, jakákoli konverze snižuje kvalitu videa (pokud je to nevyhnutelné, pak třeba FormatFactory, Super, AviDemux, ...) - ale musíš si být 100% jistý, jak nastavit parametry výstupu abys nevyrobil video, co Ti opět nepůjde importovat (jak už se Ti povedlo).