Zřejmě jsi nedodržel to, že když na FlashDisk zapisuješ, tak bys jej měl před vytažením "bezpečně odejmout". To zapíše data, která jsou v té chvíli ještě v paměti opravdu na FlashDisk.
Ve zkratce - vytahnul jsi FlshDisk dřív, než se dokončil zápis. V lepším případě jsou poškozeny pouze soubory, v horším případě můžeš takto FalshDisk zlikvidovat.