Verze PCIe z praktickýho hlediska nemá žádnej vliv, nepočítáme-li ty nejvýkonnější špičkový grafický karty. Takže si kup takovou, kterou unese tvoja peněženka.
Proč ti vadí integrovaná grafika? Je-li deaktivována, nijak nezavazí, naopak je to výhoda, když ti chcípne hlavní grafická karta, tak máš zálohu v podobě integrované.