Buď je to nepřesnost na té časové ose (což se vyloučí puštěním kratšího videa, třeba, které má 1280 seknud). To si nemyslím.
Spíš je přehrávač nastaven, že seekuje na nejbližší klíčový snímek. Dobré přehráveče (PotPlayer) umí nastavit který způsob používat (podle klávesové zkratky třeba shift), a to dokonce pro oba druhy seekování : pro seekování pomocí kliknutí na časové ose nebo při seekování pomocí šipek (+- 5,30,60,300s).
Každopádně někde v nastavení bude volba seekovat ne nejbližší keyframe, případně přesné hledání, případně rychlé hledání...
Zkus: Nastavení -vše-Vstup/Kodeky-Rychlé hledání.(Odškrtnout.)