Podivné mizení složek a souborů

Dobrý den,
mám problém s PC, kde se mažou pouze doinstalované programy(např. adobe reader, ccleaner atd.), ale i z dokumentů a plochy (dokumenty word, pdf atd.). Někdy se stane, že tyto soubory v dokumentech nejsou smazané, ale jsou jako systémové a skryté.
Dále systém nenaběhne kvůli třem možným situacím:

1) smazaný soubor c:\ntldr
2) smazané soubory v c:\windows\fonts nejčastěji to začíná souborem VGA852.fon
3) smazané soubory v c:\windows\system32 nejčastěji to začíná souborem hal.dll

Po low level formátu a následné instalaci systému se tento problém po nějaké době opět opakuje (cca 1 měsíc)

Konfiguraci PC neuvádím, protože se problém děje na více různých počítačích, což zřejmě vylučuje HW chybu. Prováděl jsem několikrát kontrolu antivirem, který nic nenašel.

Windows XP Professional 32-bit
ESET NOD32 4 Business Edition
Počítače v doméně, chráněné přes Kerio Control