Předpokládám, že do skriptu napíšu sudo apt-get install nazev, ale pak na něj musím nějak z cronu odkázat, skript budu mít na serveru. Ten ale vyžaduje přihlášení, nelze anonymní identita.

zbytečně složité.

Skript může vypadat nějak takto:

wget http://můjserver/proglist.txt -O /tmp/proglist.txt
for i in proglist do
   apt-get -y install $i
next

Samozřejmě to můžeš vylepšit tím, že proglist budeš vycucávat PHPkem z SQL serveru a zpětně budeš reportovat úspěch instalace (tím zajistíš, že budeš mít přehled co je už kde nainstalováno a zároveň to, že nebudeš instalovat 2x totéž na jeden PC). Fantazii se meze nekladou.