Konečně jsem našel zřejmě nejvhodnější řešení. Na připojení do Active Directory použijeme místo likewise-open balíček Centrify Express, ten má více možností a zdá se, že celkově funguje lépe.

Místo přímého mountování sdílených složek + uživatelské home directory uděláme na tato umístění zástupce(záložky) v prohlížeči souborů Nautilusu. Adresu home directory zjistíme z ldapsearch, protože všichni uživatelé nemají stejné umístění domovské složky.
Přímé mountování není od nějaké verze Ubuntu možné, protože nástroje vyžadují k připojení přímo specifikované jméno a heslo nebo uvedený soubor, kde jsou přihlšovací údaje napsané.

ADRESA=$(/usr/share/centrifydc/bin/ldapsearch -Q -LLL -h AD.test.local -b 'dc=test,dc=local' '(& (objectclass=user)(userPrincipalName='$USER'@test.local))' homeDirectory | grep homeDirectory | sed -e 's|homeDirectory: ||' | sed 's|\\|/|g')

echo "smb:" + $ADRESA >> ~/.config/gtk-3.0/bookmarks

A pro hromadnou správu, nejen instalaci nového softwaru se mi včera podařilo najít nástroj parallel-ssh, který umožňuje spustit příkaz na několika počítačích najednou a ještě to uloží output.

Poslední, co tedy zbývá vyřešit, jak spustit skript po prvním přihlášení uživatele, udělat echo do souboru bookmarks a pak tento skript smazat. S vymazáním bych věděl, spouštění musím ještě promyslet.