Píšeš, že ů se uloží jako ú -> nerozumíš tomu. Soubor (který je v nějakém kódování) se prostě uloží jako celek a to jak se zobrazí nějaké písmena, je věc programu, který je otvírá. Podle toho, jestli jsou obě zmíněná kódování stejná, se zobrazí zamýšlený text. Pokud ne, pak se místo některých znaků (nebo všech třeba) zobrazí jiné znaky, případně otazníky nebo takové symboly s otazníkem, což znamená, že v daném kódování takový znak není. Programy při otevírání souborů zkouší zvolit kódování, které podle různých měřítek nejvíc vyhovuje.
Základ je mít editor(třeba revoluční SUblime Text 3), který dokáže otevírat soubory v konkr. kódování a ukládat je taky ve zvoleném kódování.

Shrnuto - většinou se člověk setká s těmito 3 kódováními:
CP1250 / WIndows 1250 / "středoevropské"
UTF-8
ISO-8859-2, (latin 2)