měl jsi tam blbě uvozovky.
<?php
system('"C:\Program Files (x86)\2BrightSparks\SyncBackSE\SyncBackSE.exe" '.escapeshellarg('pokus'), $ret);
echo $ret;
?>
v argumentu předpokládám nemáš žádné kontrolní znaky jako backslash apod. - viz link co jsem ti dával.