Ak máš Microsoft Security Essentials, nepotrebuješ Windows Defender...
Microsoft Security Essentials po inštalácii vypne Windows Defender, za účelom riadenia ochrany PC v reálnom čase.
Defender detekuje a odstraňuje iba spyware, MSE je antivírus, ktorý chráni pred rootkitmi, trojanmi a spyware.

Edit: Neodporúča sa mať spustené obidva, môže nastať spomalenie a konflikty.