UTF rozhodně ano, ale nemusí to stačit. Problém je v tom, nakolik je konvertor v Calibre kvalitní, aby si poradil s dokumentem, ve kterém je více znakových podskupin.
Já bych rozhodně šla přes html a problematické znaky zapsala jako html entity. Popř. ještě pro konverzi do mobi použít kindlegen místo Calibre.
Možná by stálo za pokus vyzkoušet některý online konvertor, např.

http://ebook.online-convert.com/convert-to-mobi