Pres FTP tezko budes zalohovat (do citelne podoby), protoze tim prijdes o veskera prava a to je v linuxu dost podstatny problem. Jediny zpusob, jak o informace o souborech (prava, opravneni) neprijit na windowsim stroji (a taky nemit problem s tim, ze wokeni filesystemy jsou case insensitive) je cpat to do archivu (tar gzip atd.) a nebo vytvorit "diskovy image" a ten si primapovavat jako diskovou jednotku.
Pokud chces pravidelne zalohy (bez prazdneho mista) a snadnou obnovu systemu z total crash, tak dd na prvnich nekolik bajtu na kazde partysne a zbytek souborove.
A nebo profesionalni zalohovaci nastroje..