co použít fsarchiver? Sice to předpokládá skriptík, kterým si dumpneš fdisk, ale viděl bych to jako intelichente řešení:

záloha:
1. dump fdisku
2. proiteruješ si fsachiver přes jednotlivé oddíly a ukládat budeš na nějaký ftp/smb share
3. hotovo

obnova:
1. obnova fdisku (plus resync oddílu)
2. proiteruješ si fsarchiverem všechny oddíly

teoreticky by mělo jít obnovit i celé pole, jen si budeš muset ohlídat guid disků.

edit: místo CD bych použil Flashku se zapisovatelnou částí/overlay (na skript).