Mal by si tam mať súbor my-default.ini s predvolenou konfiguráciou, ktorý stačí premenovať na my.ini.

Pozri si výsledok týchto príkazov:

SHOW VARIABLES LIKE 'character_set%';
SHOW VARIABLES LIKE 'collation%';

Navicat nepoužívam, takže neviem čo tam počas generovania databázy robí, ak máš ale problém len s databázou, ktorá bola vytvorená cez Navicat, tak problém bude zrejme v jeho konfigurácii. Nepíšeš, či ti diakritika funguje aspoň v normálne vytvorenej databáze, do ktorej normálne vložíš dáta - ak nevieš, tak si to vyskúšaj.