Taky nechápu, k čemu potřebuješ mít TC v jednom exáči...
Funguje normálně na flashdisku bez jakýchkoliv úprav, akorát je vhodné změnit defaultní cestu k ini souborům (C:\Windows) do hlavního adresáře TC.
http://www.totalcmd.net/plugring/inireloc.html