Apache se spravuje v v hlavní souboru ( default http.conf).
Co znamená zpracovávání php souborů. php-cli nestačí? Případně zpracovávat php soubory na běžícím serveru taky ne? Jinak můžeš mít buď virtual hosty běžící na jiném portu(což považuji za drbání levou rukou v pravé hýždi) nebo je rozlišit pomocí IP(127.0.0.69)/nebo hostname a nebo i si vytvořit víc služeb s vlastním konfigem (přes nějakou utilitku v apache/bin)