Nejsi sám, mám stejný problém. Evidentně je v linuxu, nějaká bota.
Jde během záseku hýbat myší (aspoň zpomaleně)?
Kolik máš volné RAM během kopírování? (free -m)
Jak velké soubory a jaký objem kopíruješ?
Jaké máš nastavené věci týkající se správy paměti (/proc/sys/vm/*)?
Mě se to stává i v GUI aplikacích
Verze linuxu?
Jaké jsou souborové systémy na discích?
PS: tohle možná bude fungovat, netestoval jsem.