Dnes jsem řešil stejný problém... mám 2 účty : 1 používám pro PC a druhý jiný pro Mobil
Z mobilu jsem se odhlásil, ale na PC jsem se viděl připojený. Pak jsem zkusil "odstřelit" na mobilu kde co a nic nepomohlo.

Na PC jsem dal příkaz /showplaces a vypsalo to, že jsem přihlášený pouze na tomto PC a s tím jménem, které používám pro počítač, což je správně.
Zkusil jsem na mobilu (SGS4, Android 4.3) znovu spustit Skype a použít stejný příkaz /showplaces a ejhle, byl jsem na Androidu 2x!
Takže jsem napsal v mobilu příkaz /remotelogout a pak zase /showplaces a už jsem byl jen 1x a pak proběhlo i odhlášení ))
Díky bohu. Fakt mě to docela štvalo.